yo hice algo parecido con la serie robotech, extraje los audios latinos de la version remasterizada y la version antigua, luego con el adobe audition, cargue los 2 audios en multipista y fui retocando uno en comparacion del otro, tratando de guiarme por algun sonido (por ejemplo un portazo, el ring de un telefono, una explosion, etc) asi puedes editar en el caso que uno de los videos tenga cortes distinto al otro, luego de sincronizar un audio con el otro, lo exportas como mezcla de audio, y luego lo comprimes a mp3 o ac3, para agregarselo al video con el virtualdub....