Al parecer tienes una confusión.
MPEG-4 es un estándar de video que incluye codecs tan distintos como DivX, x264, Nero Digital, Quicktime e incluso Windows Media Video. Todos ellos utilizan las características establecidas por en las ISO e ITU respectivas, sin tener necesariamente que ser compatibles entre ellas.
A lo otro que seguramente te refieres es el formato MP4, que corresponde a una rama del MPEG-4. Este corresponde a un archivo contenedor (container), ya que puede contener video, audio, subtítulos, capítulos, etc. (Más información
aquí). En video soporta MPEG-4, bajo codecs que cumplen con ASP o AVC, y audio de bitrate constante o variable (CBR o VBR), como AAC y OGG.
AVI, también es contenedor y su versión más moderna (OpenDML 2.0, la más común) soporta formatos de bitrate variable en video (como los MPEG-4 DivX, XviD y x264) y sólo bitrate constante en audio (como MP3, AC3 y WAV).
Entonces, por mucho que un codec te deje el archivo en AVI, estará de todos modos en MPEG-4. Pero si lo que quieres es dejar el archivo como MP4, puedes usar Nero Vision 3. No estoy seguro, pero creo que Quicktime (versión 6 en adelante) también utiliza MP4.
Saludos
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ALEX-KID