Eso pasa cuando los DVD vienen con pifias a propósito en la estructura de archivos. Yo estoy teniendo problemas similares en este preciso momento para hacerle una copia al de SAW III.
La sulución que se me ocurre es que lo pases al CloneDVD2 y elimines el contenido que no desees, luego lo dejas como salida a DVD de doble capa, para que NO comprima nada, ya que el encoder del CloneDVD2 no es tan bueno como el del Shrink.
Una vez que dejes el nuevo compilado (si le quitaste cosas va a quedar mas liviano igual), lo tiras al Shrink, le haces un deep análisis y luego le haces un Backup.
Eso estoy haciendo con el de SAW ahora, el problema es que trae un .VOB mas cabrón que la cresta que no me lo aguantó el CLone y tuve que eliminarlo. Luego al abrir la peli en el Shrink me aparece la pista de dolbydigital 5.1 en un tamaño de 7 megas (!!!!!??????), y no me deja comprimir normalmente los videos, de hecho el resultado no me lo reduce a menos de 5 Gigas.
Lo único que me falta probar es que después de todo ese atado, lo vuelva a tirar al CloneDVD (con la estructura reaarmada antes por el mismo Clone y después del shrink). Debería agarrar todo para comprimir nuevamente. (Esta vez será bastante menos por que el shrink ya le pegó su manotazo).
Weás raras que pasan, generalmente no es tanto el atado, es el primer DVD con el que peleo tanto, pero no me la va a ganar este conssshesumadre
Ojalá puedas solucionar tu atao igual
Saludos